Ferrugem “americana” (Phakopsora meibomiae): sua ocorrencia e mais comum no final da safra, em soja “safrinha” e em soja guaxa, estando restrita às áreas de clima mais ameno. Raramente causa danos elevados, ocorrem em temperaturas amenas abaixo de 25ºC e umidade relativa elevada.
Ferrugem “asiática” (Phakopsora pachyrhizi): a doença é favorecida por chuvas bem distribuídas e longos períodos de molhamento. A temperatura ideal para o seu desenvolvimento varia entre 18º-28º C. As lesões das cultivares são predominantemente castanho-clara (“TAN”). Os sintomas iniciam-se nas folhas da planta por minúsculos pontos (1-2mm de distancia) mais escuros que o tecido sadio da folha. Predomina uma coloração castanho- avermelhado (RB).
A mancha parda (Septoria glycines) e crestamento foliar de Cercospora (Cercospora kikuchii): são consideradas como “complexo de doenças de final de ciclo”. O fungo C.kikuchii também causa a mancha púrpura na semente, reduzindo a quantidade e a germinação. Mas realmente acontecera maiores danos se forem associados com várias outras doenças. A incidência dessa doença pode ser reduzida através da integração do tratamento químico das sementes como a incorporação do restos culturais e a rotação da soja com espécies não suscetíveis.
A mancha “olho de rã” (Cercospora sojina): no momento está sob controle devido ao uso de cultivares resistentes sendo raramente observada. Devido à capacidade do fungo desenvolver raças (25 raças já identificadas no Brasil), é importante que, além do uso de cultivares resistentes, haja também a diversificação regional de cultivares, com fontes de resistência distintas. O uso de cultivares resistentes e o tratamento de sementes com fungicida, são fundamentais para o controle da doença e para evitar a introdução do fungo ou de uma nova raça de C. sojina em áreas onde ela não esteja presente.
Míldio (Peronospora manshurica)
Mancha foliar de Phyllosticta (Phyllosticta sojicola):
Mancha alvo e podridão da raiz (Corynespora cassiicola): cultivares suscetíveis podem sofrer completa desfolha prematura, apodrecimento das vagens e intensas manchas nas hastes. Através da infecção na vagem, o fungo atinge a semente e, desse modo, pode ser disseminado para outras áreas.
Mela ou requeima da soja (Rhizoctonia solani-anamórfica; Thanatephorus cucumeris- teleomórfica): a doença se desenvolve bem em condições de temperatura de 25ºC a 30º C e umidade relativa do ar acima de 80%. Condições de clima chuvoso e a frequência e a distribuicao das chuvas durante o ciclo da cultura. O fungo sobrevive no solo. As lesões poder ser pequenas manchas ou tomar todo o limbo foliar, em forma de murcha ou podridão mole.
Oídio (Erysiphe diffusa): é um parasita que se desenvolve em toda parte da área da soja, como folhas, haste, pecíolos e vagens (raramente observada). O sintoma é observado com a presença do fungo na área afetada e por uma cobertura representada por uma fina camada de micélio e esporos (conídios) pulverulentos que podem ser pequenos pontos brancos ou cobrir toda a parte da área atacada, com menor severidade nas vagens. 
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